En un petit poble del sud d'Anglaterra, la senyora Tavistock evoca amb nostàlgia un episodi tràgic del passat. Llegeix les cartes del promès de la seva tia Madeleine, en Frank, un jove estudiant de medicina, membre de les Brigades Internacionals, desaparegut al front d'Aragó la primavera del 1938.

Al mateix temps, a Barcelona, l’Alfred veu alterada la seva vida raonablement feliç a causa del suïcidi del pare, un vell amargat i solitari amb qui no es parlava des de feia anys. La troballa d’uns papers amagats a la casa familiar i un seguit de fenòmens insòlits l’impulsen a investigar les obscures llavors del silenci que durant anys ha ofegat el dia a dia de la seva família.

A partir de dues històries que transcorren entre els anys anteriors a l’esclat de la Guerra Civil i l’hivern del 2002, Les llavors del silenci es desplaça en un recorregut gairebé detectivesc pel passat i el present de dues famílies marcades per la guerra i reflexiona sobre la identitat, la culpa i el sentit íntim de tot allò que anem deixant enrere